Chez les eukaryotes, l’épissage alternatif permet de produire plusieurs isoformes d’ARNm matures à partir d’un seul gène. Selon les annotations actuelles des génomes, les ARNm matures ne contiennent qu’une seule séquence codante; cette séquence est appelée séquence codante de référence. L’épissage alternatif permet d’augmenter la diversité protéique puisque ces isoformes ont la possibilité de coder des isoformes protéiques pouvant différer sur une partie de leur séquence en acides aminés.

Nous avons ré-analysé le transcriptome de différents organismes et avons détecté des milliers de nouvelles séquences codantes différentes des séquences codantes de référence. Ces nouvelles séquences différentes des séquences codantes de référence, sont appelées alternatives. Les protéines alternatives traduites à partir des séquences codantes alternatives ont été détectées par spectrométrie de masse et plusieurs d’entre-elles sont étudiées pour déterminer leurs fonctions. La découverte qu’un seul ARNm mature peut coder pour plusieurs protéines complètement différentes augmente considérablement la diversité du protéome des organismes eukaryotes. Pour plus d'information concernant cette découverte, consulter ces articles (NAR, PLOS ONE).